Er en samarbeidsform mellom regjeringer, hvor den nasjonale suverenitet opprettholdes. Skal ses i motsetning til over-nasjonal integrasjon, hvor regjeringsfunksjoner og beslutningskompetanser flyttes fra det nasjonale nivå til EU.
EU er overnasjonal i 1. søyle, hvor EU-retten overtrumfer nasjonal lovgivning, hvis de to nivåer er i motstrid med hverandre. I 2. søyle er samarbeidet derimot mellomstatlig. 2. søyle vedrører Utenriks- og Sikkerhetspolitikk. Det rettspolitiske samarbeid i søyle III er også mellomstatlig.
Fremtiden
EU-Forfatningsutkastet vil avskaffe de mellomstatlige søyler.